På 15-årsdagen rømmer Kafka Tamura hjemmefra. Han vil vekk fra den iskalde faren sin og hans foruroligende ødipale spådom. Men Kafka bærer også på håpet om å finne moren og søsteren, som begge forsvant elleve år tidligere. I byen Takamatsu finner han fram til et lite, privat bibliotek, der han blir kjent med den androgyne Oshima i skranken og den gåtefulle kvinnelige bestyreren. Og her får han hjelp da politiet tar opp jakten på ham etter en blodig hendelse.

Nakata er også på flukt fra politiet, og finner en trailersjåfør som sin hjelper. Etter en mystisk ulykke som barn har Nakata hatt evnen til å snakke med katter, og det er da han leter etter en forsvunnen katt at han får blod på hendene og må legge ut på reise. Trådene i Kafkas og Nakatas liv veves sammen.

Kafka på stranden er et stort episk verk med forankring både i realisme og drøm. Det er en roman som gir et lidenskapelig forsvar for fantasikraften, medfølelsens og tankens betydning.