Milano, 1497.
I refektoriet i klosteret Sata Maria delle Grazie er Leonardo da Vinci i dypeste hemmelighet i ferd med å legge siste hånd på Nattverden, et av verdens mest berømte kunstverk. I Roma har pavens hoff mottatt en rekke anonyme brev som mer enn antyder at ikke alt er som det skal med Leonardos maleri. Hvorfor har ikke disiplene glorier? Og hvorfor har Leonardo malt seg selv med ryggen mot Jesus? Fader Agostino Leyre, inkvisitor og kodeekspert, blir sendt til Milano for å finne sannheten. Mens han er der, blir byen rystet av flere mystiske drap. Har de noe med Nattverden og dens berømte opphavnsmann å gjøre? Og hvem står bak de gåtefulle brevene man har mottatt i Roma? Med ett befinner fader Leyre seg midt i begivenheter av historiske dimensjoner, og sannheten om innholdet i Leonardos mesterverk kommer sakte for en dag.