Klokken tre om morgenen slår sikkerhetspolitiet og terrorpolitiet til mot flere familier i en av Stockholms fosteder. Et femtitalls personer blir tatt og transporteres bort. De får ikke vite hva de er mistenkte for. Men neste dag eksploderer nyheten om at "al-Qaida i Sverige" er uskadeliggjort og at landet er reddet fra den største katastrofen noensinne. Ni personer blir tatt som terrorister. Deretter kommer den store stillheten. Ingen vet hva som skjer i politietterforskningen.

Politiinspektør Eva Johnsén-Tanguy, som er forhørsekspert ved Økokrim, får til sin overraskelse en helt ny jobb, å lede forhørene med de mistenkte terroristene. Dermed forandres livet hennes. Blant annet utsettes vennskapet med journalisten Erik Ponti for store påkjenninger. I krigen mot terrorismen havner Eva Johnsén-Tanguy og Erik Ponti på helt ulike sider.

Jan Guillou tar i Den indre fiende, hans trettiende bok, et oppgjør med lovene som påstås å være laget for å beskytte demokratiet, men som skader det betydelig mer enn hva terrorismen gjør.