Maja, seks år, forsvinner. Sporløst. Anders og hans kone Cecilia har ikke lenger barn. Det lykkelige livet på Domarö er slutt, bare fortvilelse og skilsmisse gjenstår. Et par år senere vender Anders tilbake. Han får et tegn som tenner et vanvittig håp: Maja finnes fremdeles i verden.

Menneskehavn er en fortelling om kjærlighet, hat og magi. En fortelling om de skjulte krefter som har skapt skjærgården.