1989: Verden er i endring. Berlinmuren faller og Irans leder annonserer dødsdommen over Salman Rushdie etter utgivelsen av Sataniske vers. Fatwaen gjelder også alle hans oversettere og forleggere verden rundt.

1993: En oktobermorgen treffer tre skudd fra en grovkalibret revolver forlagssjef William Nygaard i ryggen. For første gang etter annen verdenskrig er en nordmann blitt skutt fordi han forsvarer ytringsfriheten. Det er et under at han overlever.

Men hvem stod bak? En rekke ubesvarte spørsmål knytter seg til norsk-pakistanske Ali, som eier samme type revolver og ammunisjon som ble brukt under attentatet. Dagen etter skuddene drar Ali til Teheran uten bagasje. Flyturen blir betalt kontant i dollar. Til politiet forklarer Ali seg sprikende både om sitt mistenkelige reisemønster og et revolverløp på avveie, og han blir siktet for falsk forklaring.

Men først i mars 1998, nesten fem år etter drapsforsøket, blir han arrestert. Alt virker klart for en siktelse da Ali på uforklarlig vis blir satt fri. Helt uten videre. Ikke engang politietterforskerne som arbeidet med saken vet hvorfor.

Hvem skjøt William Nygaard? bringer ny, oppsiktsvekkende informasjon om etterforskningen og er en så nådeløs beretning om sviktende politiarbeid at riksadvokaten har bestemt seg for å gjenoppta saken. Riksadvokaten bestemte i 2009 at saken skulle gjenopptas, men også gjenopptakelsen har vært forbundet med en forunderlig tafatthet.