Etter en heller kjølig og fuktig sommer er høsten blitt varm og solrik i Skutebukta. Cecilia, Leo og Une kommer over en avis hvor mange bokstaver og ord er blitt klippet ut. Ordene millioner og dreper er blant ordene som mangler i overskriftene. CLUE-gjengen skjønner etter hvert at det handler om et trusselbrev der det går tydelig frem at politiet ikke må involveres. Derfor må de ta saken i egne hender. De må blant annet finne avsenderen, og det er flere ting som tyder på at vedkommende som har laget trusselbrevet befinner seg et sted i nærheten av Skutebukta. En mystisk seilbåt ligger ankret opp ute ved Steinholmen, og en nedstøvet bil med noen blodige filler i baksetet står parkert ved et skogholt. For å klare å løse mysteriet må CLUE-gjengen gjøre seg kjent med den britiske filosofen John Stuart Mill og hans tanker om frihet.