På en bondegård i Skåne bor den bråkete og ulydige 12-åringen Nils Holgersson. Han vil helst bare sove og spise, og gjøre ugagn og plage dyrene på gården. Som straff for at han er så rampete blir han forvandlet til en tommeltottstor nisse av gårdens husnisse. Fra å ha vært stor og tøff, blir han nå liten og forsvarsløs. Tilfeldighetene fører han ut på en lang reise med villgjessene gjennom Sverige. Reisen blir full av store oppdagelser og dramatiske hendelser. Dette er starten på et fantastisk eventyr for Nils som reiser fra syd i Skåne til nord i Lappland.