Gjennom en lang rekke bestselgende bøker har Kaptein Supertruse etablert seg som barnas egen superhelt. Dette er den første animasjonsfilmen basert på det populære bokuniverset. Thomas og Harald er to av skolens mest rampete gutter. De finner på alt mulig rart, og deres svorne fiende er rektor Krupp. Da de blir tatt av rektor Krupp for en serie alvorlige rampestreker, tar de hevn ved å hypnotisere ham til å tro at han er Kaptein Supertruse, og dermed er moroa i gang.