Herrens Veje er et familiedrama om tro og tvivl. Omdrejningspunktet er en moderne dansk præstefamilie, hvor både forpligtelsen til at forkynde skriften og præstefaget er gået i arv i generationer. Familien Krogh består af den karismatiske, herskesyge ”kvartalsdranker” Provsten Johannes (Lars Mikkelsen). Hustruen Elisabeth (Ann Eleonora Jørgensen) og deres 2 voksne sønner. Sønnen August er gået i sin fars fodspor og er præst. Sønnen Christian er i sin fars øjne familiens sorte får. Historien er inspireret af myten og Kain og Abel og den fortabte søn.