Skjulte tråder er en skarpsindig og mangefasettert historie om tre kvinner i tre tidsperioder, med hver sin hemmelighet. Hver gang 39 år gamle Paula trenger et pusterom i sin kaotiske tilværelse, drar hun på kurs. Denne gangen har valgt falt, litt tilfeldig, på et sted i Dalarna der hun skal lære seg å brodere. På gården med kursstedet bor Gunni. Hennes liv har stagnert etter en heftig forelskelse, og hun har blitt boende på gården. På slutten av 50-tallet forelsket den unge Anita seg i Bengt, som åpnet områdets første supermarked. Men Bengt var gift, og ryktet begynte raskt å spre seg ... De tre kvinnenes liv er på overraskende vis bundet sammen - av en svart silketråd.